L'Hospital Sant Joan de Déu Barcelona disposa de tres tipus d'acreditació: europees, nacionals i autonòmiques.
Aquestes designacions reconeixen, entre altres qüestions, l'experiència clínica de les unitats, la capacitat d'investigar, intercanviar informació i treballar en xarxa; així com la preparació dels seus professionals i de les instal·lacions.
Disposem, concretament, d'un total de 69 acreditacions que ens situen en el mapa de la xarxa europea de referència en malalties rares i també entre els centres de referència pediàtrica reconeguts pel Ministeri de Sanitat i la Generalitat de Catalunya.
Alguns serveis o unitats de l'Hospital pertanyen a xarxes de tractament i estudi de malalties minoritàries. La raó és que la prevalença d'algunes patologies és molt baixa en el pacient pediàtric, per això es consideren rares. Aquest és un fet comú, per exemple, en malalties oncològiques o neurològiques, entre d'altres.